Cấu trúc đề thi môn chuyên năm nay thực hiện theo cấu trúc quy định của Sở GD-ĐT. Đây là lần đầu tiên Sở quy định cấu trúc đề thi tuyển sinh các môn chuyên nhằm nâng cao chất lượng và tiệm cận kiến thức các môn chuyên chuẩn bị cho kỳ thi học sinh giỏi quốc gia hàng năm.
Kiến thức bài thi đảm bảo độ phân hóa, tăng cường câu hỏi mở, câu hỏi vận dụng, câu hỏi gắn với thực tiễn.
Đối với lớp chuyên Tin học, Sở GD-ĐT Ninh Bình hướng dần đến việc tuyển sinh toàn bộ lớp chuyên Tin học bằng bài thi chuyên Tin học. Vì thế, trong năm 2024 - 2025, tỉnh tăng 7 chỉ tiêu đối với thí sinh đăng ký bài thi chuyên Tin học so với năm học 2023 - 2024. Cụ thể, lớp chuyên Tin học tuyển tối đa 25 chỉ tiêu đối với thí sinh đăng ký bài thi chuyên Tin học, số còn lại tuyển thí sinh đăng ký bài thi chuyên là môn Toán chuyên.