Con gái NSND Khắc Lợi xác nhận với VietNamNet thông tin ông qua đời lúc 7h05 sáng 2/8. Chị Thu cho biết bố chị sinh năm 1932, vẫn khoẻ mạnh cho tới thời điểm 2 tháng trước. Ông nằm viện 1 tháng rưỡi và mới ra viện hôm 31/7. Tối qua 1/8 ông phải đi cấp cứu do khó thở vì bệnh phổi tắc nghẽn mãn tính. Ông trút hơi thở cuối cùng vào sáng nay, 2/8.

Sự ra đi của NSND Khắc Lợi để lại niềm tiếc thương vô hạn với các học trò của ông. NSƯT Đặng Thái Huyền chia sẻ những bức ảnh kỷ niệm trong những lần tới thăm thầy và nói vẫn biết sẽ có ngày này mà không thể cầm được nước mắt vì hụt hẫng và đau không thể tả.

"Thầy ốm lâu rồi. Mỗi lần vào thăm, tôi thường cầm sẵn giấy và bút để ghi ra những điều muốn kể, muốn khoe với thầy. Nhưng cũng có khi chỉ nắm tay thầy, luyên thuyên điều gì đó, bất cần biết thầy nghe được không và thầy sẽ cười. Trước khi đi công tác chỉ kịp dỗ và ép thầy ăn hết bát cháo. Ghi ra giấy: 'Em đi công tác, về em lại vào thầy'. Thầy gật và cười. Rồi học trò trôi đi trong công việc, chưa kịp vào thì thầy đã không chờ được rồi.

Hôm nay, một mặt trời trong tim tôi đã khuất bóng, một người cha tinh thần mà tôi luôn nói là không có ông, không có tôi như ngày hôm nay đã rời xa tôi. Thầy ơi… Trước đây, mỗi lần vào một dự án phim mới, em có thói quen là sẽ lên chào thầy và nắm tay thầy lấy vía may mắn. Giờ sẽ hụt hẫng, buồn đau rất nhiều. Nhớ thương thầy - đạo diễn NSND Khắc Lợi. Em sẽ lưu giữ mãi nụ cười, khuôn mặt ấm áp, hiền hậu của thầy. Chỉ là thầy đang đi chơi xa thôi, đúng không thầy", nữ đạo diễn quân đội xúc động chia sẻ.

NSND Khắc Lợi không chỉ là thầy giáo của nhiều thế hệ học trò sau này là những nhà làm phim nổi tiếng mà còn đứng sau nhiều tác phẩm điện ảnh có tiếng vang, đáng kể nhất là phim Tướng về hưuvới sự tham gia diễn xuất của cố NSND Hoàng Dũng và NSND Hoàng Cúc. Tác phẩm không những mang đến danh tiếng cho NSND Hoàng Cúc mà còn mang lại cho NSND Khắc Lợi giải Bông Sen Bạc (không có giải vàng) trong Liên hoan phim Việt Nam 1990. 

Ngoài tác phẩm để đời này, ông còn có nhiều bộ phim nổi tiếng khác như: Hai bà mẹ, Miền đất không cô đơn, Tiếng cồng định mệnh, Nguyễn Ái Quốc ở Hong Kong -tác phẩm ghi dấu ấn với sự tham gia của NSND Trần Lực.