Học phí các ngành dao động từ 46-84,7 triệu đồng/năm học. So với mức thu của năm học 2023-2024 trong khoảng 42,8-77 triệu đồng/năm học thì học phí các ngành năm tới đều tăng từ 3-8 triệu/năm.

Ngành có học phí cao nhất là Răng-Hàm-Mặt với 84,7 triệu đồng/năm (dự kiến tăng 7,7 triệu đồng so với năm học 2023-2024).

Ngành Y khoa dự kiến thu 82,2 triệu đồng/năm (tăng 7,4 triệu đồng).

Ngành Dược học dự kiến học phí 60,5 triệu đồng/năm (tăng 5,5 triệu đồng).

Hai ngành đào tạo bác sĩ y học cổ truyền và y học dự phòng cùng mức học phí dự kiến 50 triệu đồng/năm.

Các ngành còn lại gồm: Cử nhân y tế công cộng, Cử nhân điều dưỡng, Cử nhân các ngành kỹ thuật y học, Cử nhân phục hình răng, Cử nhân dinh dưỡng cùng mức 46 triệu đồng/năm.

Hiện tại trường này đang thu học phí đối với sinh viên năm thứ 1 và năm thứ 2 các ngành Y khoa, Răng - Hàm - Mặt, Dược học là 49 triệu đồng/năm.

Các ngành Điều dưỡng, Dinh dưỡng, Kỹ thuật xét nghiệm y học, Kỹ thuật hình ảnh y học, Khúc xạ nhãn khoa, Kỹ thuật phục hồi chức năng, Y tế công cộng là 31,64 triệu đồng/năm.

Sinh viên năm thứ 3 trở lên của tất cả các ngành giữ mức đóng 27,685 triệu đồng/năm.

Ngành y Việt - Đức (chương trình hợp tác đào tạo giữa Trường đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch và Đại học Y khoa Johannes Gutenberg, Đại học Mainz - Cộng hòa Liên bang Đức) là 209 triệu đồng/năm học).

- Điều dưỡng 40 triệu đồng/năm.

- Y khoa (CLC), trung bình 72,6 triệu đồng /năm.

- Ngành Dược học (CLC), trung bình 66,5 triệu đồng/năm.

Răng – Hàm – Mặt (CLC), trung bình 106,48 triệu đồng/năm.

Ngành Y khoa, Răng Hàm Mặt 180 triệu đồng/năm.

Ngành Y học cổ truyền 80 triệu đồng/năm.

Ngành Dược học 55 triệu đồng/năm.

Ngành Dinh dưỡng 42,54 triệu đồng/năm.

Ngành Y tế cộng đồng 35 triệu đồng/năm.

Đối với chương trình tiếng Anh; Ngành Y khoa, Răng Hàm Mặt 220 triệu đồng/năm.

Ngành Dược học 95 triệu đồng/năm.

Ngành Điều dưỡng 87,5 triệu đồng/năm.

Ngành Y khoa 150 triệu đồng/năm.

Ngành Điều dương, Kỹ thuật xét nghiệm y học 80 triệu đồng/năm.