Người dùng Galaxy Note 9 có thể cập nhật Android 9.0 Pie qua hình thức OTA (over-the-air). Bản nâng cấp chỉ có dung lượng 95MB. Cho tới thời điểm hiện tại,ắtđầunhậncậpnhậlich thi chúng ta mới chỉ có thông tin về bản cập nhật tại Đức, do đó sẽ mất một khoảng thời gian trước khi người dùng tại các nước khác cũng được hưởng quyền lợi này. Ngoài ra, Samsung cũng gửi giao diện One UI hoàn toàn mới đến cho khách hàng.